La décision de professionnalisation prise en 1996 entraîne une refonte complète de la chaine opérationnelle avec notamment la restauration de brigades et la disparition des divisions remplacées par des "Etats-majors de forces"(EMF), sans lien de filiation avec les divisions existant précédemment, et destinés à commander des divisions modèle OTAN (15.000 à 20.000 hommes) formées "a la carte" par le commandement de la Force d'action terrestre (CFAT) en fonction de l'engagement demandé qu'il soit de "haute intensité" ou de "résolution de crise".
En juillet 1999, le shéma du commandement de la Force d'action terrestre est le suivant: