En octobre 1939, à l'exception du 7e escadron qui reste à Tlemcen, le 2e RSA débarque à Marseille. Il est constitué d'un Escadron Hors Rang (EHR) d'un escadron de mitrailleuses et canons et de deux Groupes d'Escadrons (GE) comprenant chacun deux escadrons à cheval.
Il forme avec le 2e Régiment de Spahis Marocains (RSM) la 3e BS aux ordres du colonel Clouet des Perruches puis du colonel Marc.
La 3e BS, affectée à la 9e armée du général Corap, est engagée dans les Ardennes dès le début du conflit.
Lors du repli de l'armée française, la 3e BS est rattachée à la 53e division d'infanterie et reçoit la mission de défendre le canal des Ardennes puis, dans la nuit du 14 au 15 mai, est chargée d'organiser à la Horgne une position d'arrêt.
Le 15 mai, elle affronte sur cette position un bataillon d'infanterie motorisé renforcé de chars de la 1ère Panzerdivision allemande.
Après dix heures d'une lutte acharnée mais inégale, compte tenu des forces en présence, la brigade totalement enclerclée est à bout de munitions. Les spahis tentent une sortie baïonette au canon, ils sont repoussés et les survivants, blessés pour la plupart, se résignent à cesser le combat. Ils recoivent, sur le terrain, les honneurs militaires que leur fait rendre le colonel Balck, commandant le régiment des fusilliers de Wesphalie et sont fait prisonniers.
La brigade a perdu dans ce terrible affrontement les deux chefs de corps et la moitié de ses effectifs dont 14 officiers et 490 hommes pour le 2e RSA.
L'héroïque conduite des spahis apporte à l'étendard l'inscription:
Les débris du 2e RSA rejoignent l'Algérie et sont regroupés à Tlemcen où le régiment est reformé le 16 octobre 1940 et compte 3 GE répartis dans l'Oranais.
Le 16 avril 1943 les 5e,6e,7e et 8e escadrons du 2e RSA sont dissous pour former le 6ème Régiment de Spahis Algériens (RSA).
Le 1er juillet 1943, le 2e RSA devient le 2e Régiment de Spahis Algériens de Reconnaissance (RSAR) et le 16 décembre il fait mouvement vers le Maroc et s'implante au camp Boulhaut à Casablanca.
Le 22 janvier 1944, renforcé par des escadrons du 6e RSA, le régiment, aux ordres du colonel Lecoq, est motorisé et reçoit des matériels américains: Jeeps, Chars M24 Chaffee, AM M8, Half-Tracks.
Le 2e RSAR est affecté à la 1ère Division Blindée (DB) commandée par le général Touzet du Vigier puis par le général Sudre à partir du 4 décembre 1944.
Avec le 2e bataillon de zouaves et la 2e batterie du 68 régiment d'artillerie, il forme le Combat-command n°3 du Colonel Caldairou.
Les premiers éléments du régiment (4e escadron) embarquent à Oran le 10 août et débarquent à la Nartelle le 16 . Le 30 août La totalité du régiment est regroupée sur le sol français, la campagne de libération de la France commence, elle sera suivie par la campagne d'Allemagne jusqu'à l'armistice du 8 mai 1945.
Après avoir participé à l'occupation de Berlin (3e escadron) et stationné à Pirmasens (Sarre), le régiment prend garnison à Pforzheim en Forêt Noire, il est le régiment de reconnaissance de la 5e DB dans le cadre des Forces Françaises en Allemagne (FFA).