En 1954, l’Algérie est la Xe région militaire de la France.
Elle est subdivisée en trois divisions militaires qui correspondent aux trois départements d’Alger, Oran et Constantine.
Le gouvernement considérant que le découpage territorial, tant civil que militaire, est de nature à favoriser la pacification, porte le nombre de départements à quatre en 1955, douze en 1956 et quinze en 1958.
L’organisation territoriale du commandement militaire est remaniée en mars 1957 et, aux nouvelles régions des trois départements d’origine correspondent trois corps d’armée; aux départements, une zone opérationnelle à la charge d’une division; aux arrondissements des secteurs sous l’autorité d’un régiment, ces secteurs étant eux même divisés en plusieurs quartiers placés sous le contrôle de leurs unités élémentaires (compagnies ou escadrons). La carte ci-dessous représente la mise en place de ces structures de commandement territorial militaire en 1959.
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En 1958, à l'arrivée du régiment, l'activité rebelle est importante dans la vallée du Guir et le massif du Chebket Mennouna sert de refuge aux djich (troupe armée) qui opèrent dans les régions d'Abadla et de Kenadsa ainsi qu'aux caravanes venant du Maroc pour les approvisionner.
Le 26e dragons va expérimenter et passer maître dans l'application d'une nouvelle technique de combat: la "Recherche Systématique de Traces" (RST) qui permet la poursuite et la localisation des éléments ennemis puis leur destruction en adaptant les moyens engagés à l'importance du groupe armé repéré.
L'intensification de l'usage des mines, que les rebelles déposent de nuit sur les pistes ou sur leurs propres traces, représente un réel danger pour les patrouiles qui sillonnent ce vaste territoire. Jusqu'à la fin des hostilités le régiment en aura relevé 358 et certaines d'entre elles causeront des pertes en personnels et en matériels: 5 tués, 44 blessés, 25 véhicules endommagés.
Mais en 1960 le 26 dragons aura parfaitement rempli sa mission et plus aucune bande rebelle ne s'infiltre dans le quartier de Kenadsa.
En 1962, après le cessez-le-feu du 18 mars, le régiment va assurer la sécurité des personnes d'origine européenne et la protection des installations du centre interarmées d'essais d'engins spéciaux de Colomb-Béchar.
Il effectue également des escortes par voie ferrée ou routière vers Oran, Beni-Abbès, Timimoun, Adrar, Reggan, Tindouf et Tamanrasset pour garantir la libre circulation de nos forces.